Visual Studio или Atmel Studio?

Visual Studio и Atmel Studio очень похожи по внешнему виду, способу использования и функциональности.
Оба являются так называемыми IDE, Integrated Development Environments

Microsoft Visual Studio представляет собой коммерческий продукт от Microsoft, которые можно купить в магазинах программного обеспечения.
Atmel Studio - аналогичный продукт, он бесплатен и может быть загружен с веб-страницы Atmel

Оба продукта основаны на одной и той же платформе Visual Studio, что делает их очень похожими по функциональности, способу использования и внешнему виду.

Если вы... то выберите эту IDE...
... Хотите использовать все виды Arduino совместимых плат с процессорами различных производителей, не только от Atmel. Используйте Visual Studio.

Окружение разработчика, основанное на Visual Studio, поддерживает процессоры от различных производителей. Список поддерживаемых моделей плат включает все Arduino и Arduino-совместимые платы, LaunchPads, Pic32, Chipkit, Intel Galileo и т.д.
Так как все эти платы Arduino-совместимы, можно переключаться с одной на другую, при этом Ваши скетчи будут работать.
... Хотите использовать платы только с процессорами производства компании Atmel Используйте Atmel Studio.

Atmel Studio бесплатная, но ограничивается процессорами производства Atmel. Список поддерживаемых плат включает в себя все оригинальные Arduino вроде Uno, Mega, Nano, Due, Yún и т.д., а также совместимые платы (клоны) от других производителей, см. эту статью Wikipedia